השם מלכיה נזכר מספר פעמים במקרא כשמה של משפחת כהונה שחבריה שירתו בבית המקדש. לאחר חורבן הבית השני, היגרה, ככל הנראה, משפחת הכהונה לגליל, כפי שעשו משפחות כהונה נוספות באותה תקופה. אלפי שנים מאוחר יותר, התיישבו באזור דרום לבנון בני הכת השיעית, המתואלים. שבעה מכפריהם של המתואלים, ובהם גם הכפר אל-מלכיה, נכללו עם קביעת הגבולות בהסכמי סייקס-פיקו בתוך תחומי המנדט הבריטי בארץ ישראל. במהלך מלחמת העצמאות, בפרק זמן של פחות מחצי שנה, עבר השטח שבו הוקם לבסוף הקיבוץ שלוש פעמים מיד ליד. הקר