בשנות ה-30 המאוחרות החלה התעוררות בקרב הנוער הדתי בישראל בכלל וחברי תנועת הנוער בני עקיבא בפרט, שבמרכזה השאיפה לצאת להכשרה ולהקים קבוצה עצמאית. הימים הם ימי עליית הנוער מגרמניה, ומאות בני נוער מגיעים לארץ ונקלטים בהכשרות, אך עבור הנוער הדתי ארץ-ישראלי לא נמצא מקום או תקציב להכשרה עליה חלמו. כתוצאה מכך, התארגנה קבוצה של נערים חברים בני עקיבא שהחליטו להקים בעצמם הכשרה עצמאית.
באוקטובר 1937 עלתה הקבוצה, שכונתה אז 'קבוצת בני עקיבא', ליישוב כפר גדעון שבעמק יזרעאל. חבריה, שהיו אז בני 15 בלבד, התפרנסו מעבודה אצל איכרי הסביבה. החיים בכפר גדעון היו קשים - החדרים היו צפופים, אפשרויות הפרנסה מועטות, ונוצרו חיכוכים רבים עם האיכרים באזור בגין הלכות ושמירת השבת. לאחר שנה וחצי התברר לחברי הקבוצה שהקיום שם קשה מידי, והוחלט להמשיך את ההכשרה במקום חדש - קיבוץ טירת צבי בעמק בית שאן. אך מכיוון שהקיבוץ היה אז קיבוץ צעיר והמשק היה קטן, הקבוצה נאלצה להתפצל וחלק מחבריה המשיכו את הכשרתם בקיבוץ שדה אליהו השכן.
בקיץ 1938 הוקם בנס ציונה מחנה עבודה של תנועת בני עקיבא שמטרתו להכשיר אנשים להצטרפות להכשרה העצמאית בטירת צבי, לצד סיוע לחברי תנועה מחוסרי עבודה. למחנה הגיעה קבוצה של בין 20 ל-30 אנשים, עולים חדשים וילידי ישראל כאחד, ובמהלך שהותם התגבש שם גרעין שרצה להקים קיבוץ עצמאי. בבני עקיבא הוחלט שיש לאחד את שני הגרעינים - הגרעין בנס ציונה והגרעין בעמק בית שאן, ובכך ליצור את הקבוצה העצמאית הראשונה של הארגון - קבוצת עלומים.
במרץ 1940 הוקמה הכשרה משותפת עבור שני הגרעינים במושבה נתניה. היו אלה ימים של אי-יציבות כלכלית בארץ, דבר שהקשה על חברי עלומים למצוא מקומות עבודה ראויים. לתקופות מסוימות הצליחו רק שניים או שלושה חברים להשתחל לשוק העבודה, ומשכרם התפרנסו כל השאר. עם השנים מצבם בנתניה החל להשתפר - המחנה הוסב ממחנה אוהלים למחנה של צריפים ואף בניין אחד, מצב העבודה במושבה החל להשתפר, הוקם במחנה משק עזר שכלל גן ירק, עדר עיזים, לול תרנגולות, ברווזים ורפת. גם התרבות הקבוצתית מתחילה להתגבש ולהתפתח - מונהגים לימודי תורה משותפים, נפתחים חוגים לספרות, כלכלה והיסטוריה, ומתקבעת מסורת מסיבות ליל שבת.
במהלך התקופה שבה שהתה הקבוצה בנתניה הצטרפו אליה שני גרעינים נוספים. באוקטובר 1940 הגיע גרעין בוגרי כפר הנוער הדתי, ובנובמבר 1941 הגיע גרעין ממקווה ישראל. גרעינים אלה לא היו שייכים לבני עקיבא, ובעקבות הגעתם היטשטש מעט הקשר של הקבוצה עם הארגון.
החיים בנתניה הביאו איתם אתגרים רבים. משק העזר של הקבוצה לא הצליח, ולא ניתן היה להמשיך בבניה כיוון שהסוכנות היהודית אסרה על בנייה על אדמה פרטית. החברים החלו לשקול מעבר למחנה חדש. ב-13 ביוני 1942 התקיימה אסיפה בקבוצה שדנה בנושא, במסגרתה הוחלט לשלוח פלוגה מתוך הקבוצה למחנה עבודה בהרצליה, ובאם יראו כי התנאים שם טובים יותר יצטרפו אליהם שאר החברים.
אט אט עברו כל חברי קבוצת עלומים להרצליה, והמחנה החדש שלהם שגשג. הוקמו והתבססו ענפים חדשים במשק, הקבוצה הצליחה להתפרנס בכבוד מעבודות חוץ במושבה, ונקלטו חברים חדשים. בשנים הבאות הצטרפו שני גרעינים חדשים לקבוצה - גרעין תורני (1943) וגרעין ד' (1945). שני הגרעינים האלו השתייכו לבני עקיבא, מה שהידק מחדש את קשרי הקבוצה עם התנועה.
כעבור מספר שנים בהרצליה, החל להתעורר בקרב חברי עלומים הרצון להקים יישוב עצמאי. לאחר שורה של מאבקים עם התנועה הקיבוצית והמרכז החקלאי, אושר להם לקבל מקום להתיישבות באזור בארות יצחק שבנגב הצפון-מערבי. באסיפת הקבוצה שהתקיימה ב-6 לפברואר 1947 התקבלה ההצעה ברוב מוחץ.
ביום שלמחרת יצאה הפלוגה הראשונה לנקודה שהובטחה להם בנגב, אך בערוב אותו יום קיבלו הוראה מהמוסדות המתיישבים לעבור באופן זמני לנקודה אחרת באזור חלוצה ורביבים. במשך חמישה חודשים חיה הפלוגה בנקודה הזמנית בתנאי חיים קשים, וכל אותה העת המשיכו החברים במאבקם לעבור לנקודת הקבע. לבסוף המאבק השתלם, וב-30 ביוני 1947 התקיים באופן רשמי טקס העלייה לקרקע של קבוצת עלומים - הפלוגה עברה לנקודת הקבע והקימה שם את קיבוץ סעד.
השם סעד לא נבחר על ידי חברי הקיבוץ אלא על ידי יוסף אריכא, מרכז ועדת השמות של קרן קיימת לישראל. הוא בחר בשם זה כיוון שהיישוב הוקם שנה לאחר השבת השחורה, "כסעד" ליישוב בארץ. חברי הקיבוץ, שלא קיבלו הזדמנות לבחור שם בעצמם, ניסו במשך תקופה ארוכה לחפש שם חלופי, אך החליטו לבסוף לשמור על השם סעד שהפך לשגור בשפתם.
במשך שלוש שנים חיו חברי הפלוגה בפיצול משאר הקבוצה שנותרה בהרצליה. היו אלה שנים מאתגרות של הפרדה, ריחוק, וניסיונות רבים לגשר על הפערים. במהלך השנים האלו נאלצו החברים שבנקודה בנגב להתמודד עם האתגרים הביטחוניים שהביאה מלחמת העצמאות - תחילה התמודדו עם מתקפות של פולשים ועם מוקשים שהוטמנו בדרכים שמסביב לקיבוץ, ובשלב השני נאלצו לרדת למחתרת ולחיות כמעט לגמרי מתחת לקרקע כיוון שהנקודה הופצצה ללא הפוגה בידי המצרים. לאורך כל המלחמה היו החברים כפופים לחטיבת הנגב והתנהלו כחיילים. משתמה המלחמה, הייתה הנקודה הפוכה והרוסה כמעט לחלוטין, מכוסה בחפירות, תעלות ומקלטים שלא אפשרו בנייה מחודשת על פני הקרקע. על כן, החליטו החברים להעביר את יישובם אל מעבר לכביש ולהתחיל את הבנייה מחדש.
אט-אט עברו עוד ועוד חברים מהרצליה לנקודה בסעד, עד שבפסח 1950 הגיעו החברים האחרונים לקיבוץ והקבוצה התאחדה בשנית. בנקודה החדשה הוקמו בית תינוקות, בתי מגורים, מספר צריפים ורפת. החברים החלו לעמול על פיתוח מחודש של המשק ועל בניית תשתיות. על אף ההתרגשות שבאיחוד המחודש, החל בשנים הבאות גל של עזיבות בקיבוץ, שנבע בעיקר מהקשיים שבמעבר מהעיר לנגב השומם. על העזיבות פיצתה קליטה של שני גרעינים חדשים - גרעין דרום-אמריקאי גדול שחבריו הגיעו לקיבוץ בגלים החל משנת 1951, וגרעין ז' של בני עקיבא.
בשנים הראשונות בנקודה החדשה בסעד נאלצו החברים להתמודד עם אתגרים רבים, ביניהם מחסור במים, ניתוק ממרכז הארץ, וקשיים ביטחוניים בדמות חוליות פדאיון מרצועת עזה שחדרו לקיבוץ כדרך קבע, גנבו ציוד ועשו נזק רב לרכוש ולמשק. אך לצד הקושי, שנים אלו היו שנים מכוננות בהיסטוריה של סעד, בהן הקיבוץ התבסס מבחינה כלכלית, משקית וחברתית.
ב-1956, לאחר מבצע קדש, המצב הביטחוני באזור סעד השתפר וחדירות הפדאיון לשטח הארץ פחתו באופן משמעותי. בשנים שלאחר מכן החלה תקופת צמיחה משמעותית בקיבוץ. נבנו תשתיות חדשות ביניהן חדר אוכל חדש ובית כנסת חדש, המשק הורחב והתפתח, אוכלוסיית הקיבוץ גדלה ונקלטו בו מספר גרעינים חדשים, והתרבות הקיבוצית שגשגה עם פתיחת המועדון לחבר והקמת להקת סעד (1962) שהפכה לפופולרית מאוד בקיבוצים רבים ברחבי הארץ ויצאה למספר סבבי הופעות.
בשנים שלאחר מכן עבר קיבוץ סעד, כמו כל מדינת ישראל, תהפוכות ביטחוניות רבות. זה החל בשנת 1967 עם מלחמת ששת הימים, שלקראתה עמלו חברי הקיבוץ בבניית תעלות ומקלטים ותוצאותיה הובילו לכך שסעד לא היה עוד יישוב ספר. שחרור ירושלים נחגג בקיבוץ סעד על ידי תפילת מנחה חגיגית. שנים ספורות לאחר מכן פרצה מלחמת יום הכיפורים (1973), וחברי קיבוץ רבים גויסו למילואים והשתתפו בקרבות. הנשים לקחו על עצמן את משימת תחזוק המשק, והחברים שנותרו בקיבוץ הקימו סוכת אירוח עבור החיילים העוברים בצומת סעד והתנדבו במחסני אוגדות צה"ל באיזור הנגב.
כל אותה העת המשיך הקיבוץ לגדול ולהתפתח - חדר האוכל ובית הכנסת הורחבו, נרכשה הטלוויזיה הראשונה, נקלטו גרעינים חדשים והמשק שגשג. בחג ה-25 לקיבוץ, שנחגג בשנת 1972, נכתבו בעלון הקיבוץ הדברים הבאים:
בשנים הבאות מתרחשים בסעד מספר שינויים משמעותיים. אחד מהם הייתה ההחלטה לפתוח מפעל תעשייתי בקיבוץ. השיחות על רכישת מפעל לקיבוץ החלו בתחילת שנות ה-80, ובשנת 1982 החל לפעול בקיבוץ מפעל 'סיפן' לייצור יריעות מפלסטיק ממוחזר. מפעל זה פעיל עד היום ומייצר יריעות פלסטיק לענפים רבים בתעשייה בארץ. שינוי נוסף ומשמעותי שהתרחש בקיבוץ באותה התקופה הוא המעבר ללינה משפחתית, שקרה באופן רשמי בערב חג שבועות 1984.
מאז תחילת שנות ה-2000 נאלצים חברי קיבוץ סעד להתמודד עם איום בטחוני מתמד בדמות ירי רקטי מרצועת עזה, שהגיע לשיאו במבצעים הבאים - 'עופרת יצוקה' (2009) שבמהלכו נפלו שני קאסמים בשטח הקיבוץ, 'עמוד ענן' (2012), ו'צוק איתן' (2014) שבמהלכו נפל קאסם בחצר בית הספר וגרם לנזק רב לרכוש. אך לצד הקושי הבטחוני הקיבוץ המשיך לגדול ולהתפתח, להנהיג פרויקטים גדולים כמו הקמת אוהל אירוח עבור מפוני גוש קטיף (2005), ואף להפוך באופן רשמי לקיבוץ מופרט (2010). התרבות בקיבוץ ממשיכה לשגשג עם חגיגות משותפות בחגים, לימודי תורה משותפים, טקסים מפוארים בחג הקיבוץ, הקמת גלריה בקיבוץ, אירוח פסטיבל 'דרום אדום' ועוד.
ב-7 באוקטובר 2023 בשעה 11:00 בבוקר, במהלך מתקפת הטרור של החמאס על יישובי הנגב המערבי, הגיעו לשער קיבוץ סעד כ-70 מחבלים חמושים. כוחות צה"ל ושוטרים שעברו במקום ניהלו איתם קרב יריעות ומנעו את חדירת המחבלים לקיבוץ, כאשר חברי כיתת הכוננות סייעו להם בהגנה על הקיבוץ מבפנים. על גופות המחבלים נמצאו מפות של סעד ותכניות מפורטות עם הוראות לביצוע הטבח. חברי הקיבוץ פונו למלון בים המלח שם שהו ביחד מספר חודשים. בפברואר 2024 החלו החברים לחזור לקיבוץ, וכיום רובם כבר נמצאים בביתם ונאלצים להמשיך לחיות לצד רעשי המלחמה המתרחשת בסמוך לביתם.