בשנת 1944 שוחררה רומניה מהשלטון הנאצי על ידי כוחות הצבא האדום, ובעקבות כך הפכה פעילות השומר הצעיר בשטח המדינה לחוקית, דבר שגרם להתעוררות משמעותית בתנועה ברומניה והוביל להקמת קנים חדשים בכל רחבי המדינה. חודשים ספורים לאחר מכן התקיים בבוקרשט כינוס גדול שנקרא 'סמינריון השומר הצעיר', אליו הגיעו צעירים חברי התנועה מכל רחבי המדינה. בכינוס הוחלט על הקמת קיבוץ חדש - קיבוץ זיקים.
הקיבוץ התארגן תחילה ברומניה ועבר הכשרה לקראת עליה לארץ, וב-1 ביולי 1945 החלה הפלוגה הראשונה של חברי הקיבוץ את מסעה לעבר ארץ ישראל. חודש לאחר מכן, ב-1 באוגוסט, יצאה פלוגה נוספת לדרכה. שתי הפלוגות נדדו ברחבי אירופה במשך חודשים רבים בניסיון למצוא דרך להגיע לארץ-ישראל, עד שכחצי שנה לאחר מכן, ב-25 בדצמבר 1945, הצליחו שמונה מהם להגיע לחופי הארץ על סיפונה של ספינת המעפילים 'חנה סנש'. עם הגעתם לארץ נשלחו מיד לקיבוץ שמיר על מנת לעבור הכשרה. מספר חודשים נוספים לאחר מכן, ב-14 במאי 1946, הגיעו שלושים חברי קיבוץ נוספים לארץ על סיפונה של ספינת המעפילים 'מקס נורדאו' והצטרפו לחבריהם בקיבוץ שמיר. כך נוצר הגרעין הראשון של קיבוץ זיקים.
ב-29 ביולי 1946 הגיעו לארץ שלושים חברים נוספים על סיפונה של ספינת המעפילים 'ההגנה'. נוסעי ספינה זו היו האחרונים שהורשו להיכנס לישראל לפני שהחלו הגירושים למחנות בקפריסין, ובהגיעם לארץ הם נאסרו על ידי הבריטים ונשלחו למחנה עתלית. בעקבות כך, החליטו חברי הקיבוץ שנמצאו אז בשמיר שיש לשלוח חמישה-עשר חברים להמשך הכשרה בקיבוץ עמיר השכן. זאת על מנת שמאוחר יותר, כשישתחררו חברי הקיבוץ שנאסרו על ידי הבריטים, יוכלו חמישה-עשר החברים להקים ביחד עם האסירים המשוחררים את גרעין 'זיקים' השני.
בתחילת 1947 חברי זיקים היו מפוצלים ב-5 מוקדים שונים: הגרעין בקיבוץ שמיר, הגרעין בקיבוץ עמיר, גרעין של חברים שנאסרו ונשלחו למחנה עתלית, גרעין של חברים שנתפסו בדרכם לארץ ונשלחו למחנות בקפריסין, וכ-70 חברים נוספים שנותרו ברומניה והמשיכו בפעילות התנועתית. מכיוון שהקיבוץ היה גדול במיוחד החלו דיונים בוועד הפועל של הקיבוץ הארצי שעסקו בשאלה האם לפצל את הקיבוץ ולשלוח את החברים שנותרו ברומניה כהשלמה לקיבוץ אחר. בסופו של דבר, לאחר התעקשות מצד חברי זיקים, הוחלט להשאיר את הקיבוץ כפי שהוא.
באותו הזמן, תחילת 1947, הוחלט כי הגיע זמנם של חברי זיקים להקים התיישבות עצמאית במושבה טרם עלייתם לקרקע כפי שהיה נהוג באותה התקופה. המושבה שנבחרה כמקום ההתיישבות הייתה רחובות. ימים ספורים לפני הקמת ההתיישבות ברחובות הוחלט בקיבוץ הארצי כי יש לדחות את המעבר בכשלושה חודשים, ובמקום זאת נשלחו חברי הגרעין בשמיר לקיבוץ רוחמה שהיה זקוק לעזרה במשק באותה התקופה. לאחר זמן קצר ברוחמה, במאי 1947, הגיעו ראשוני החברים לרחובות.
במהלך השהות של קיבוץ זיקים ברחובות פרצה מלחמת העצמאות, שהשפיעה רבות על הקשר בין חברי הקיבוץ במוקדים השונים. ב-1948 הגיעו לארץ החברים שהיו כלואים במחנות בקפריסין, אך לא יכלו להתאחד עם חבריהם ברחובות בשל הסכנה בכבישים. על כן שהו בקיבוץ רוחמה לתקופה של מספר חודשים עד שהמעבר לרחובות התאפשר מבחינה בטחונית.
בשלהי המלחמה, ב-14 בפברואר 1949, התקיים יום העלייה לקרקע. החברים עזבו את רחובות והתמקמו על אדמות הכפר הערבי ח'רביה, שנחרב רק שלושה חודשים קודם לכן במהלך קרבות מלחמת העצמאות.
בשנים הראשונות בנגב נאלצו חברי זיקים להתמודד עם אתגרים רבים, כשהגדול שבהם היה האיום הביטחוני. הקיבוץ נאלץ להתמודד כדרך קבע עם חוליות מסתננים מרצועת עזה שנקראו 'פדאיון'. חברי הפדאיון היו פולשים לשטח הקיבוץ, גונבים רכוש ועושים נזק למשק וליבול. חבר הקיבוץ אריה גולדשטיין הטמין מוקשים בשדות הקיבוץ על מנת להרחיק את הפולשים, ובסופו של דבר נהרג בעלותו על אחד מהם. מאוחר יותר, לקראת מבצע קדש (1956), המצב הביטחוני הסלים אף יותר ונחפרו מקלטים ותעלות מגן מסביב לקיבוץ.
בנוסף לקשיים הביטחוניים, העיבה על חברי הקיבוץ גם סערה פנימית שמקורה באי-הסכמה פוליטית. ביום העלייה לקרקע החל ויכוח סוער בין חברי הקיבוץ בנוגע לנוסח שייכתב על השלט בטקס העלייה, ובמהלך הויכוח התגלה כי ישנם חברי קיבוץ המחזיקים בדעות קומוניסטיות הנוגדות את ערכי הציונות. הקרע הפוליטי בין החברים נמשך תקופה ארוכה, ולאחר ויכוחים סוערים הוחלט, בגיבוי של התנועה, לשלול מהחברים הקומוניסטיים את חברותם בקיבוץ. במסגרת החלטה זו הוצאו מהקיבוץ כ-30 חברים, והמשבר שנוצר גרם לעזיבות נוספות מצד חברים שהתנגדו למהלך.
בעקבות הוצאת החברים מהקיבוץ וכמות העזיבות הגדולה שהגיעה בעקבותיה, הוחלט לשלוח שני גרעיני השלמה לזיקים על מנת לפצות על המחסור בכוח האדם - גרעין של יוצאי התנועה מאנגליה והגרעין הישראלי 'שומריה'. לאחר הגעת הגרעינים החדשים החל גל עזיבות נוסף שנבע מחיכוכים בין חברי הגרעינים לוותיקי הקיבוץ. על כן, בתחילת שנות השישים הגיעו לקיבוץ מספר השלמות נוספות מדרום אמריקה.
לצד הקשיים והמשברים, חברי קיבוץ זיקים לא חדלו לרגע מהניסיונות לפתח את הקיבוץ. במשק הוקמו ענפי חקלאות רבים, ביניהם הרפת שהיום משמשת כענף החקלאי הגדול והרווחי ביותר בזיקים, ענף גידולי שדה ומספר מטעים. בתרבות התקבעו מסורות מגוונות ביניהן חגיגות משותפות בחגים, טקס בחג הקיבוץ, מקהלה קיבוצית, קבוצת דרמה ועוד.
בתחילת שנות ה-70 החלו החברים לשקול את האפשרות של הקמת מפעל על מנת שכלכלת הקיבוץ לא תתבסס על ענפי החלקאות בלבד. בשנת 1971 הוחלט על הקמת מפעל מזרונים בקיבוץ ונבחר שמו - פולירון. מאז, צבר המפעל מוניטין בכל רחבי הארץ והחל לייצר מגוון נרחב של מוצרי שינה. בשנת 2000 הוא הועבר לאזור התעשייה באשקלון על מנת להכשיר את הקרקע בזיקים להרחבת המפעל, וב-2015 המפעל חזר לביתו שבזיקים בגרסה מורחבת ומשודרגת. היום, המפעל משמש כהכנסה המרכזית של קיבוץ זיקים.
בשנת 1979 הוקם בקיבוץ מפעל נוסף - פולירית - שהחל את דרכו כמפעל לייצור סוליות נעליים מפוליאוריתן. בהמשך, משזיהו את הפוטנציאל של החומר, החלו לייצר ממנו מוצרים נוספים והמפעל התרחב. המפעל פעיל עד היום בזיקים ומהווה גם הוא נתח משמעותי מהכנסות הקיבוץ.
בשנות ה-80, כמו קיבוצים רבים בארץ, החל הקיבוץ להיכנס לחובות גדולים שהובילו למשבר כלכלי של ממש. המשבר גרר קיצוצים רבים בכל תחומי החיים הקיבוץ, ומספר החברים המועט היווה מכשול נוסף בדרך להתאוששות. בתחילת שנות ה-2000 אוכלוסיית הקיבוץ כולה התגייסה למאמץ להתגברות על המשבר, ובעזרת ההתגייסות הכוללת הצליח הקיבוץ לכסות את מרבית החובות ולחזור לפעילות כלכלית רגילה.
מאז תחילת שנות ה-2000 נאלצים חברי קיבוץ זיקים להתמודד עם האיום הבלתי פוסק של ירי רקטי מכיוון רצועת עזה, שהגיע לשיאו במבצעים עופרת יצוקה (2006), עמוד ענן (2012) וצוק איתן (2014). אך לצד האיום הביטחוני הקיבוץ ממשיך לשגשג וללבלב תוך תחזוק משק גדול ומצליח, הפעלת שני מפעלים וקידום חיי תרבות משותפים.
במהלך מתקפת הטרור של החמאס ב-7 באוקטובר 2023 פלשו מספר מחבלי חמאס לשטח הקיבוץ. כיתת הכוננות, ששמעה על המתרחש בקיבוצים האחרים, התכוננה לכך מראש וניהלה איתם קרב שבסופו נהרגו ארבעה מהמחבלים והנותרים ברחו. במהלך הקרבות נפצעו שני חברי קיבוץ, ובערב אותו היום כבר פונו כלל חברי הקיבוץ למעלה החמישה ושדות ים. בפברואר 2024 החלו החברים לחזור לבתיהם שבקיבוץ, והיום רובם כבר נמצאים בקיבוץ ונאלצים להמשיך ולהתמודד עם רעשי המלחמה המתרחשת ממש בסמוך לביתם.